Les coffrets Yu-Gi-Oh! sont un excellent moyen de parfaire sa collection. Les coffrets decks légendaires contiennent des decks emblématique de la série animée. Les tinbox contiennent les cartes les plus populaires sorties dans les éditions de base de l'année en cour. Les autres coffrets tournent autour d'un thème en particulier ou intègre une nouvelle rareté de carte.